Науковий архів комплектувався протягом всієї історії музею. В ньому зберігалися документальні матеріали, що відносяться до діяльності музею: фінансові документи (касові книги, звіти), листування, накази, особисті справи співробітників музею, плани, звіти про роботу музею, археологічних і етнографічних експедицій, наукові довідки, тексти екскурсій, лекцій, наукові концепції, тематико-експозиційні плани, тематичні реферати, характеристики колекцій, каталоги музейних колекцій і т.п. На жаль, збереглися архівні справи тільки 1917-1990-х рр. Музейний архів дореволюційного періоду був загублений в роки Великої Вітчизняної війни. Документи 1991-2007 рр. зберігаються як поточна документація в науковій частині і у завідуючої кадрами музею.
